Op het Haganum krijgt elke leerling in de onderbouw een brede en uitdagende basis in de natuurwetenschappen. Daarbij gaan we vaak net iets verder en dieper op de stof in dan normaal gesproken in de onderbouw van een VWO. Buiten de vaklokalen om, worden er veel practica gedaan in het grote en uitgebreide bètalab, waarvan de collectie door leerlingen in de rol als conservatoren wordt onderhouden.
Relatief veel leerlingen kiezen op het Haganum in de bovenbouw voor de natuurstroom, waarin ze naast de reguliere lessen ook dikwijls binnen bijvoorbeeld het PWS, pre-university of hun HPG-project zich verdiepen in meer uitdagende stof.
